561 (1166) veya 565 (1169) yılında Tirmiz’de doğdu. Seyyid Kāsım Tirmizî’nin torunu, Seyyid Hasan Tirmizî’nin oğludur (Sahih Ahmed Dede, s. 123). Soyu Hz. Hüseyin’e dayandığından “Seyyid” ve “Hüseynî” nisbelerinin yanı sıra kalplerdeki sırları bilmesi veya Şems-i Tebrîzî’nin Konya’ya gelişini Mevlânâ Celâleddîn-i Rûmî’ye önceden haber vermesi dolayısıyla “seyyid-i sırdân”, Mevlânâ tarafından anıldığı üzere “Burhâneddin, burhân-ı dîn, burhân” ve tahkik ehli bir sûfî olduğunu belirten “muhakkik” lakaplarıyla tanınır. Tirmiz’de ilim tahsilinden sonra 605’te (1208) Belh’e giderek Mevlânâ’nın babası Sultanülulemâ Bahâeddin Veled’e intisap etti. Kırk gün sohbetinde bulunup icâzet almasının ardından Tirmiz’e döndü. Ertesi yıl tekrar Belh’e gelip burada iki üç yıl kadar kaldı. Bu dönemde henüz çocuk yaşlardaki Mevlânâ’nın atabegliğini üstlendi. Bahâeddin Veled’in ailesiyle birlikte Belh’ten hicret etmesi üzerine Tirmiz’e yerleşti (616/1219). Mevlevî kaynaklarında onun bu tarihten itibaren sürekli cezbe ve sekr halinde yaşadığı, inzivaya çekildiği, sekr halinden sahva geçip sekiz yıl kadar öğretim ve irşad faaliyetinde bulunduğu, daha sonra Anadolu’ya gittiği kaydedilmektedir.